Если процент соединений не закрытых корректно превышает 5%, то рекомендуют начать беспокоиться. Вариантов поломки может быть масса, но если MySQL начал выдавать подобное после обновления, то надо выполнить команду mysql_upgrade.
После обновления MySQL необходимо привести в порядок все таблицы, чтобы появилась возможность использовать новые инструменты и проверить существующие таблицы на совместимость. В противном случае весь лог MySQL будет забит сообщениями:
... [Warning] InnoDB: Table mysql/innodb_index_stats has length mismatch in the column name table_name. Please run mysql_upgrade
Как можно догадаться из сообщения, MySQL сам просит запустить mysql_upgrade. Для начала сделаем бэкапы баз всех проектов на сервере. Затем заходим на сервер по ssh и вводим команду "mysql_upgrade".
Эту команду рекомендуется выполнять после каждого обновления MySQL. Потому что она проверяет все таблицы во всех базах на совместимость с обновлённым ПО. Эта команда может автоматически исправить проблемы.