Если на сервере все проекты работают с локальной базой данных, то следует закрыть удалённый доступ для MySQL, чтобы негодяи не сломали систему через подбор пароля.
Если процент соединений не закрытых корректно превышает 5%, то рекомендуют начать беспокоиться. Вариантов поломки может быть масса, но если MySQL начал выдавать подобное после обновления, то надо выполнить команду mysql_upgrade.